D-kloprostenolinatrium ja L-kloprostenolinatrium ovat enantiomeerejä, mikä tarkoittaa, että ne ovat peilikuvia toisistaan ja niillä on erilaiset atomien tilajärjestelyt. D-kloprostenolinatriumin erottaminen L-kloprostenolinatriumista sisältää tyypillisesti kiraalisia erotustekniikoita. Tässä on kaksi yleistä menetelmää, joita käytetään tällaiseen erottamiseen:
Kiraalinen kromatografia: Kiraalinen kromatografia on laajalti käytetty tekniikka enantiomeerien erottamiseen. Se sisältää kiraalisen stationaarifaasin käytön, joka on kiraalisen valitsimen sisältävä pylväs tai hartsi. Kiraalinen valitsin vuorovaikuttaa eri tavalla enantiomeerien kanssa, mikä johtaa niiden erilaiseen säilymiseen ja erottumiseen. Kolonni täytetään kiraalisella stationäärifaasilla, ja D-kloprostenolinatriumin ja L-kloprostenolinatriumin seos johdetaan kolonnin läpi erityisissä liikkuvan faasin olosuhteissa. Kun yhdisteet kulkevat kolonnin läpi, ne ovat eri vuorovaikutuksessa kiraalisen stationaarifaasin kanssa, mikä johtaa enantiomeerien erottumiseen.
Entsymaattinen erotus: Entsymaattinen erotus on toinen menetelmä, jota käytetään enantiomeerien erottamiseen. Siinä käytetään entsyymejä, jotka ovat selektiivisesti vuorovaikutuksessa yhden enantiomeerin kanssa, muuttaen sen tuotteeksi jättäen toisen enantiomeerin ennalleen. Esimerkiksi entsyymi voi selektiivisesti katalysoida reaktiota D-kloprostenolinatriumin kanssa, mutta ei L-kloprostenolinatriumin kanssa. Käyttämällä tätä eroa reaktiivisuudessa nämä kaksi enantiomeeriä voidaan erottaa. Entsymaattinen erotus voidaan suorittaa liuoksessa tai immobilisoitujen entsyymien avulla kiinteillä alustoilla.
On tärkeää huomata, että käytetty spesifinen erotusmenetelmä voi riippua sellaisista tekijöistä kuin enantiomeerien ominaisuudet, erotetun enantiomeerin haluttu puhtaus ja sopivien erotustekniikoiden saatavuus. Lisäksi lääkevalmistajat voivat suorittaa D-kloprostenolinatriumin ja L-kloprostenolinatriumin erottamisen, ja siihen voi liittyä niiden valmistusmenetelmiin liittyviä patentoituja prosesseja.